奇氏当上第二皇后之后，居住在兴圣宫，十分受宠，便而恃宠而骄，连正宫皇后伯颜忽都都拿她没办法。身为与伯颜忽都同族的太皇太后卜答失里被废为庶人后，弘吉剌家族日益衰落。奇氏平日里和幼时的邻居朴不花狼狈为奸，在朝廷中排除异己，遇到不顺从她的便想方设法地加害。等到自己的儿子爱猷识理达腊长大后，竟又唆使太子攻打高丽，以报杀父之仇。
1365年9月，伯颜忽都在当了28年有名无实的皇后之后去世了，终年42岁。奇氏见伯颜忽都的遗衣弊坏，曾大笑着说："正宫皇后，竟然穿这等破烂的衣服！"此时奇氏可谓是年老色衰，已经46岁了，顺帝不免花心，宠爱汉人女子。但是顺帝依然顾忌多年夫妻情分，给予了奇氏正宫皇后之位，授以册宝。奇氏因宠生骄。身边有一个叫朴不花的宦官，与奇皇后幼年时是邻居，据说在入宫前与奇皇后通奸上了。朴不花内事奇后外结权相，祸乱朝政，许多大臣被陷害而死。
1368年（至正二十八年）正月，朱元璋建立了明朝，建元洪武。朱元璋派征虏大将军徐达，副将军常遇春，率师25万北上灭元。元朝仍旧内部纷争不息。元惠宗只好集合后妃、皇太子、皇太子妃，半夜北逃上都开平（今内蒙古多伦西北）。1368年9月14日，明军攻入元大都，元朝至此灭亡，自元世祖忽必烈1260年登基到元惠宗1368年北奔共108年。
奇皇后逝世于1369年，这年朱元璋出师进攻开平，元惠宗又逃到应昌。不久51岁的元惠宗因痢疾去世。皇太子爱猷识理达腊继位，这是北元昭宗。他的皇后也是高丽人权氏。1378年爱猷识理达腊在和林去世。朝鲜半岛有奇皇后墓，不知真假。
